アートボードの設定を正しく行ってください。

PDF作成を正しく行うにはアートボード設定を印刷物の仕上りサイズにする必要があります。
専用テンプレートを使えば、アートボードサイズ、トンボ、折り指示などが予め設定されています。
※折加工指示のある商品は必ず専用テンプレートをご使用ください。
専用テンプレートをダウンロードする

テンプレートを使用しない場合は、下記リンク先を参照にアートボードの設定を正しく行ってください。
新規ドキュメント設定の仕方を見る